El rechazo de una licencia médica por el COMPIN o por la ISAPRE, según corresponda, implica la aplicación de una sanción al trabajador, puesto que se priva a éste de los beneficios derivados de su goce, a saber, justificación de ausencia laboral y, cuando corresponda, derecho a subsidio por incapacidad laboral (suma de dinero que reemplaza la remuneración durante la enfermedad).

Si la licencia del trabajador ha sido rechazada por la entidad correspondiente el trabajador asfectado tiene el derecho de apelar de dicho rechazo ante la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN), o bien y en última instancia, ante la Superintendencia de Seguridad Social.